تأسست الهيئة ككيان مستقل بموجب المرسوم الأميري رقم 1 لعام 2009 بأمر من سمو الشيخ حمد بن محمد الشرقي، حاكم الفجيرة. وبعد صدور المرسوم الأميري رقم (3) لعام 2011 من سمو الشيخ حمد بن محمد الشرقي، حاكم الفجيرة.
تشرف الهيئة على موارد الفجيرة الطبيعية وتنظم الأعمال المتعلقة بالرخص والحقوق والاتفاقيات والامتيازات الخاصة بعمليات التعدين بما يتطابق مع القوانين والأنظمة والأصول الفنية بالدولة. يقع مقرها في مدينة الفجيرة وهي مكلفة بتطوير قطاعات الصخور والمعادن وتُجري البحوث والدراسات والتقييمات البيئية، بهدف تسهيل المشاريع وضمان حماية المستهلك واستدامة البيئة. | 
